دفتر امور اکتشافات فلزی، غیرفلزی وکانی های صنعتی، یکی از مدیریت های معاونت اکتشاف است .این دفتر از 5 گروه ذیل تشکیل شده است:

1- گروه اکتشاف ناحیه ای

2- گروه اکتشاف فلزی

3- گروه اکتشاف غیرفلزی

4- گروه طلا و فلزات گرانبها

5- گروه ارزیابی و مطالعات فنی و اقتصادی

از مهم ترین برنامه های دفتر امور کتشافات فلزی، غیرفلزی وکانی های صنعتی،میتوان به موارد زیر اشاره کرد:

_ بررسی و شناسایی توان معدنی کشور با انجام اکتشافات معدنی منظم و سراسری
_ برنامه ریزی و ارائه طرحهای اکتشافی و اجرایی آنها برای کلیه مواد معدنی ( به جز نفت و اورانیم) در سطح کشور در فازهای شناسایی، پیجوئی، عمومی و تا تعیین ذخیره قطعی و تهیه گزارشهای فنی- اقتصادی.
_ انجام مطالعات و تحقیقات و فعالیتهای لازم در زمینه اکتشاف ذخائر معدنی فلزی و غیر فلزی مورد نیاز به بخشهای صنعتی و کشاورزی و همچنین اکتشاف مواد معدنی قابل صدور در چار چوب سیاستها و خط مشی های عمومی دولت.
_ تدوین استراتژی اکتشاف و سیاستگذاری ، برنامه ریزی و نظارت بر امور اکتشاف در سطح کشور.
_ برنامه ریزی و انجام پژوهشهای صحرائی لازم به منظور شناسایی کشور از نظر توان معدنی و ارتباط آن با یافته های دیگر کشورهای جهان به ویژه کشورهای همسایه
_ تهیه نقشه های متالوژنی و توزیع کانسارهای ایران و همچنین نقشه های گسترش مواد معدنی در مقیاس های مختلف.
_ تعیین برنامه  واحدهای تحت سرپرستی و نظارت بر حسن اجرای وظایف آنها و ایجاد ارتباط و هماهنگی با سایر گروه ها و واحدهای سازمان.
_تهیه استانداردهای و دستورالعمل های اکتشاف مورد نیاز فعالیتهای اکتشافی و همکاری و هماهنگی با مراکز سازمان در ارائه برنامه های و طرحهای اکتشافی و نحوه اجرای آنها.
_ایجاد بستر مناسب در انجام پژوهشها و برنامه هایی که به گونه ای مشترک در زمینه های اکتشافات معدنی با مراکز علمی داخلی و دیگر کشورها صورت خواهد گرفت و برقراری همکاریهای علمی و فنی بین المللی در چار چوب سیاستهای دولت
_مدلسازی و تعیین شکل هندسی کانسارها، محاسبه حجم و ذخیره و تهیه گزارشهای پیش امکان سنجی